Prehistorické nálezy osídlení v blízkém okolí jsou datovány deset tisíc let před naším letopočtem.
Novodobá historie začíná v roce 1198, kdy Dr. Valentin Schmidt uvádí „Fritburk byl strážný hrad nad vltavským brodem již v roce 1198 připomínaný“.
V roce 1270 daruje Vítek z Krumlova kapli ve Frymburku benediktinskému probožství v Zátoni u Č. Krumlova a v roce 1305 Jindřich z Rožmberka ji převádí k rakouským premonstrátům ve Schläglu.
V roce 1379 byl Frymburk poprvé nazván městem a od 16. století zde byl i městský pivovar.
V roce 1598 měla frymburská rychta 118 obytných domů, 61 lánů orné půdy a šest hospod.
V roce 1620 přechází Frymburk pod panství Buquoyů a během třicetileté války je zpustošeno a vypáleno Švédy. Později byly znovu potvrzeny každotýdenní trhy a výroční trh na svátek svaté Anny.
V roce 1856 vypukl ve Frymburku obrovský požár při kterém bylo zcela zničeno historické náměstí, když požáru padlo za oběť 54 domů a čtyři lidské životy. O tom, že Frymburk vždy stranil pokroku svědčí mimo jiné i to, že již v roce 1881 zde svítili na náměstí pouliční lampy a v roce1884 zde byla zřízena telegrafní stanice.
Po vzniku Československa v roce 1918 byl Frymburk český s německou většinou, která uvítala Mnichov a obsazení českého pohraničí Hitlerem, Frymburk byl 6. května 1945 osvobozen americkou armádou a po dosunu Němců sem přišli jako dosídlenci nejen Češi a Slováci, ale i reemigranti z Rumunska a Volyňští Češi.
Frymburk i krajina se podstatně změnily po napuštění lipenské přehrady v roce 1959, kdy postupně Frymburk získal ráz rekreačního městečka.
Na jižní straně náměstí s parkem, které bylo „od nepaměti tržištěm při zemské stezce“, stojí kostel svatého Bartoloměje z 13. století, který byl později přestavěn do dnešní pozdní gotiky. Vnitřní vybavení kostela je barokní.
V parku na náměstí stojí pranýř, kašna, mariánský sloup a reliéf Adalberta Stiftera.
Na vršku Marta nad Frymburkem stojí nově zrestaurovaná kaple z roku 1898 a nově se obnovuje křížová cesta k této kapli. Od kaple je nejhezčí pohled na Frymburk.
Z významných frymburských občanů zde připomínáme pouze kantora a hudebního skladatele J. W. Maxanta, jeho žáka varhaníka S. Sechtera a univerzitního profesora A. Baumgartnera.